Rozwój nauki o glebie na Uniwersytecie Jagiellońskim sięga schyłku XIX wieku. Po utworzenia Studium Rolniczego w roku 1890, „agrogeologię” wykładał prof. Władysław Szajnocha (do 1912 r.), a następnie doc. K. Wójcik, doc. W. Goetel, dr. E. Passendorfer. W roku 1924 została utworzona Katedra Gleboznawstwa, której kierownikiem został dr Z. Starzyński, a po jego przedwczesnej śmierci (1925 r.), opiekę sprawował prof. W. Vorbrodt. W tym czasie gleboznawstwo dla studentów UJ wykładał, dojeżdżający z Warszawy prof. Sławomir Miklaszewski autor Mapy Gleb Królestwa Polskiego (1907, 1912) oraz Mapy Gleb Polski (1926), znany również dzięki wprowadzeniu do literatury międzynarodowej nazwy „rędzina” dla gleb wytworzonych ze zwietrzeliny skał wapiennych. W latach 1928-1939 kierownikiem Zakładu Gleboznawstwa był doc. Walerian Łoziński, współautor Mapy Gleb Europy (red. H. Stremme 1937), twórca międzynarodowego dziś terminu „peryglacjał”. Od roku 1945 do 1960 zakładem kierował lwowski mineralog i petrograf prof. Julian Tokarski. Od 1953 roku (wydzielenie się Wydziału Rolniczego z UJ i utworzenie WSR) zajęcia z gleboznawstwa dla studentów geografii prowadził prof. Tomasz Komornicki z Katedry Gleboznawstwa WSR/Akademii Rolniczej. 
W październiku 1987 r. w Instytucie Geografii Uniwersytetu Jagiellońskiego został zatrudniony dr hab. Stefan Skiba (uczeń T. Komornickiego). Jego staraniem w 1990 r. została utworzona od podstaw Pracownia Gleboznawstwa, którą w roku 1995 przekształcono w Zakład Gleboznawstwa i Geografii Gleb. Obok Kierownika doc. dr hab. Stefana Skiby (od 1997 – profesora), w Zakładzie zatrudniony był Mariusz Kuczek (1991-92), a następnie Marek Drewnik (od 1992), Rafał Szmuc (1994-2001), Andrzej Kacprzak (2001-2019), Marcin Żyła (2007-2012), Wojciech Szymański (od 2012), Mateusz Stolarczyk (od 2012) i Łukasz Musielok (od 2015). Ważną rolę w działalności naukowej, organizacyjnej i dydaktycznej Zakładu pełnili doktoranci: Maciej Kołodziejczyk, Ewelina Rozpędowska (z d. Żelazowska), Łukasz Uzarowicz, Katarzyna Wasak, Anna Zielonka, a obecnie Anna Bartos oraz Patrycja Kramarczuk. Od 2011 r. funkcję kierownika Zakładu, który w 2021 r. został przemianowany na Pracownię pełni prof. dr hab. Marek Drewnik.